实验室与设备管理部负责全校实验室规划、建设与管理,实验技术队伍建设与管理,校级公共平台建设;负责仪器设备、家具等固定资产全流程管理及专项经费的执行与管理;负责大型仪器设备购置论证及大型仪器开放共享体系的建设;组织或统筹协调国内外仪器设备、家具等招标和采购;负责进口仪器设备免税、境外赠送及临时性科教用品进出口工作;统筹全校政府采购计划执行情况的编制和上报;负责实验室技术安全、辐射安全与环境保护工作。

此外还承担全国性相关工作协会的工作,是中国高等教育学会实验室工作分会秘书处、高等学校国家级实验教学示范中心联席会秘书处的挂靠单位。
实验室与设备管理部下设6个办公室和1个挂靠单位。6个办公室分别为:综合办公室、实验室管理办公室、设备管理办公室、采购管理办公室、进口管理办公室、家具管理办公室;1个挂靠单位为:北京大学环境保护办公室暨辐射防护室。




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